De la vegetación alpina de zonas kársticas a los extensos bosques de haya occidentales. De los robledales y abetales del norte al cereal, vid y olivo de la cuenca. La gran variedad de climatologías, suelos y paisajes del Pirineo proporciona una enorme diversidad de ecosistemas.
Algunas de las principales especies son:
Flora

Haya (Fagus sylvatica): el haya es un árbol frondoso de hoja caduca. El porte es muy variable dependiendo de las condiciones en que crece: largo tronco sin apenas ramas hasta muy arriba si se desarrolla en bosques, o tronco principal corto y muy ramificado con una copa muy amplia si son ejemplares aislados. Su altura habitual ronda los 25-30 m pudiendo alcanzar los 40. Para desarrollarse necesita condiciones de media luz. De crecimiento lento, a partir de los 300 años envejece. Su madera es de gran calidad. En el Pirineo navarro se localizan las mayores y mejores extensiones de hayedos de la Península Ibérica.

Roble albar (Quercus petraea): árbol esbelto de hoja caduca y tronco recto que llega a alturas de 30 y 40 m. Las pequeñas plantas de estos robles requieren bastante luz para medrar. De crecimiento lento, alcanzan varios siglos de vida. La madera es de excelente calidad. Es exigente en sus condiciones ecológicas por lo que sus mejores suelos suelen están en laderas soleadas. Se hibrida con facilidad con otras especies de robles.

Abeto blanco (Abies alba): conífera de hoja perenne de la familia de las Pináceas, debe su nombre al color blanquecino de su corteza. Suele crecer en bosques mixtos junto con hayas. Es un árbol de sombra, y sus ejemplares jóvenes son capaces de crecer en la penumbra del hayedo hasta llegar a los 45 m. Esta especie de montaña tiene su límite occidental de distribución mundial en la Selva de Irati.

 

Pino negro (Pinus uncinata): de tronco cónico y corteza grisácea puede alcanzar una altura de más de 20 m. Sus hojas verde oscuro crecen a pares. Puede llegar a los 300 años de vida. Es una especie propia de alta montaña europea. Larra marca su límite occidental pirenaico, y allí crece en forma dispersa en medio del roquedo, formando uno de los paisajes más característicos e impresionantes.

Encina, carrasca (Quercus smilax): Árbol monoico de copa redondeada que alcanza 10-15 m de altura, con el tronco corto y la corteza resquebrajada de color gris oscuro. Hojas perennes, simples, con el borde entero, dentado o aserrado. Haz verde oscuro y envés más claro. Florece en Abril-Mayo. Bellota de forma oblongo-cilíndrica, puntiaguda, de 2-3 cm de longitud. Especie indiferente en cuanto a suelos, aunque gusta de los sueltos y profundos. Muy resistente a la sequía. Árbol noble que da una agradable sombra. Soporta estoicamente las podas, ya que en estado silvestre rebrota de raíz después de incendios, talas, etc. Relativamente frecuente en la zona de las Cuencas Prepirenaicas de Navarra.

En menor medida se dan otros muchos tipos de árboles: sauces, serbales, castaños, olmos, chopos, fresnos, arces, tejos, quejigos, carrascales… aparecen en las cuencas, sotos fluviales, claros o contornos de bosque.
Una gran cantidad de especies conforman el estrato arbustivo. Bojes, acebos, espinos, enebros, avellanos, saúcos, patxaranes, helechos… se extienden por todo el territorio. En un escalón inferior, plantas y flores de todo el arco cromático completan la rica vegetación pirenaica, algunas de ellas endémicas.
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